企业期末未交税额出现负数，代表企业实际已经缴纳的税额大于应缴纳的金额，企业有多交税额出现，一般有两种处理方式，一种是计入到预缴税款，留待下个月申报的时候抵减，另外一种是申请退税，具体的操作，需要咨询当地税务部门，看税务局的要求，然后按要求进行处理。